La primera temporada se desarrolla por el deseo de Yusei de recuperar su Dragón Polvo de estrellas que su antiguo compañero Jack Atlas, autodenominado el Rey le había robado. Sin embargo, Yusei debe escapar de Satélite una especie de zona de pobreza extrema. Después de lograr su escape, Yusei es detenido debido a que es considerado un delito salir de satélite para llegar a la ciudad Neo Domino.
Yusei es forzado por Rex Goodwin a entrar en un torneo llamado la Copa de La Fortuna, ya que al no hacerlo podría poner en riesgo la vida de sus viejos amigos en satélite. Además esto le permitiría encarar a Jack Atlas. Otros personajes principales son unos mellizos llamados Rua y Ruka (Leo y Luna en America), quienes ayudan a Yūsei Fudō para que se pueda escapar de los encargados de la seguridad de la ciudad Neo Domino.
Durante este tiempo se conoce a una mujer misteriosa llamada Aki Izayoi, quien es conocida en como "La Bruja de la Rosa Negra", debido a que puede causar daño real al oponente durante los combates.
Se descubre finalmente que Ruka, Aki, Jack y Yusei comparten un destino relacionado con las líneas nazca y que Rex Goodwin tenía planeado reunirles para revivir al Dragón Escarlata.
La serie empezó a ser transmitida para Latinoamérica por el canal de televisión paga ZAZ, el 8 de mayo de 2009 hasta el 3 de marzo 2011 y para chile a contar del 2 de agosto de 2010 por el canal de paga Etc...TV.
Proximamente:
Yu-Gi-Oh! La Película 10º Aniversario: ¡Super Fusión! ¡Vínculos que trascienden el tiempo!
Yu-Gi-Oh! The Movie 3D: Super Fusion! Bonds That Transcend Time. En japonés (１０ｔｈアニバーサリー 劇場版 遊☆戯☆王 ～超融合!時空を越えた絆～) es una película en 3-D estrenada el 23 de Enero del 2010 en Japón (las versiones en inglés y español no tienen fecha de lanzamiento anunciada) para celebrar el 10° aniversario de la primera serie de NAS (en comparación con el aniversario de la manga). Ofreció una historia original con la participación de Yugi Muto de Yu-Gi-Oh!, Jaden Yuki (Judai Yuki) de Yu-Gi-Oh! GX y Yusei Fudo de Yu-Gi-Oh! 5D's, luchando contra un nuevo enemigo llamado Paradox (Paradoja).
- Japonés:遊☆戯☆王3D ～超融合!時空を越えた絆～ 23.1.2010
- Español:Yu-Gi-Oh! La Película 3D: Fusion Super! 2011
- Chino:游戏王3D-超融合！跨越时空的羁绊 2011
- Inglés: Yu-Gi-Oh! The Movie 3D: Bonds Beyond Time 2011
